HELLBOY byl během druhé světové války přivolán na Zemi šíleným Grigori Rasputinem, aby se stal poslem apokalypsy. Ze spárů nebezpečného zločince jej však zachránil zakladatel tajného Úřadu pro výzkum paranormálních jevů (ÚVPJ) profesor Broom, který jej poté vychoval jako svého vlastního syna a pomohl mu rozvinout jeho výjimečné schopnosti. HELLBOY se navzdory svému temnému původu zařadil k bojovníkům na straně dobra. V ÚVPJ se HELLBOY stal součástí zvláštní rodiny, do níž kromě něj a Brooma patří také telepatický "mořský muž" Abe Sapien a půvabná Liz Sherman, která disponuje schopností pyrokineze. Všichni dohromady tvoří hlavní obranou linii před Rasputinem, který chce získat HELLBOYE zpět do své moci a využít jeho sil, aby mohl rozpoutat armageddon.