Až vám před domem zaparkuje létající talíř, neobtěžujte se volat CIA, zapoměňte na FBI, protože v takových případech existuje pouze jediná vládní agentura, na kterou se můžete obrátit. Tohle je jejich práce. Chránit Zemi před šmejdem z vesmíru. Jsou naši nejlepší, poslední a jedinou linií obrany. Jsou to muži v černém. Uplynuly čtyři roky od chvíle, kdy agenti odvrátili obrovskou intergalaktickou katastrofu. Kay (Tommy Lee Jones) se vrátil k pohodlnému civilnímu životu, zatímco Jay (Will Smith) pokračuje ve své práci pro MIB, vysoce fundovanou, ale stále neoficiální agenturu, která řídí všechny mimozemské věci na Zemi. Během vyšetřování zdánlivě běžného zločinu, odhalí Jay ďábelské spiknutí řízené Serleenou (Lara Flynn Boyle). Když Serleena vezme celou budovu MIB jako rukojmí, může se Jay obrátit na jediného člověka: svého bývalého kolegu. Je to závod s časem, protože Jay musí přesvědčit Kaye, jediného žijícího člověka, který je odborník na záchranu galaxie, aby pomohl MIB zachránit Zemi před možnou zkázou.