Jak už sám název napovídá, vrátíme se k samotným počátkům jeho "hrdinské" kariéry. Přesněji do 60. let, kdy se zúčastnil tajného vládního projektu s názvem Weapon X - projektu, jenž mu od základů změnil život. A kde se vyskytuje Wolverin, tam je rozumné očekávat i nemilosrdného "vojcla" Williama Strikera, který se může považovat za jeho duchovně-adamantiového otce a věčnou Nemesis. Wolverine však není jediným dítkem záhadného projektu Weapon X. Na scéně se objeví i jistý Victor Creed, jenž je v dnešních dnech spíše znám pod lakonickým pseudonymem Sabretooth, a se kterým má Wolverine nevyřízené účty z minulosti...