Příběh filmu X-Men: První třída se dějově vrací ještě před film X-Men Origins: Wolverine a odehrává se v polovině minulého století. V době, kdy mladý Charles Xavier (James McAvoy) a Erik Lensherr (Michael Fassbender) byli velmi blízcí přátelé a teprve odkrývali své jedinečné schopnosti. V době studené války, kdy společně s dalšími mutanty museli čelit největší hrozbě, jakou kdy zatím lidstvo poznalo. Proč se ale z nejlepších přátel stali nepřátelé na život a na smrt? Co předcházelo okamžiku, kdy se z Charlese stal Profesor X a z Erika Magneto? Válka mezi X-Meny a Bratrstvem začíná!